花が咲いた後、10～11月頃に実を付け、生薬や着色料などに使われます。
多くの方がご存知なのは、 たくあん（大根のお漬物）。また、栗きんとんやお芋の甘煮などではクチナシの実は欠かせず、一緒に煮込むことで、あの美味しそうで鮮やかな黄色が生まれます。
この黄色の着色料となるクロシンという成分がクチナシの実に含まれ、同じ成分がサフランにも含まれています。
クチナシの実やショウガ、あさりなどをご飯と一緒に炊き込む郷土料理（黄飯）もあるようですが、パエリアやサフランライスを料理するときの代用にもなりそうですね！
そんなクチナシは古くから使われていたということが下記の一句からも伺えます。

「みみなしの　山にくちなし　えてしかな　おもいの色の　した染めにせん」(古今集)

耳なし山のクチナシの実が欲しいものだ、それで誰にも知られぬ思いを染めるための下染めにしてみたい、という歌。 クチナシの実から染められる色は黄色。 "思ひの色" は 「火の色」あるいは 「緋の色」に掛けられていて、その色に染めるために、クチナシの実の色で 「下染め」をしたい。 「耳なし」にある 「口なし」ということで、誰にも知られないだろう、ということもかけた句になっています。

この歌にあるように奈良盆地南部の飛鳥周辺にある大和三山の「耳成山」は梔子山（クチナシヤマ）と呼ばれるほど、クチナシがビッシリ生えていたそうです。昔から温暖な地に自生又は栽培され、この歌のように染料として使われていました。