現代ではほぼ定説として定着している「思ひ草」=ナンバンギセルですが、定説となるには近世から近代にかけて、何の花であるかについてさまざまな説が錯綜していました。
万葉集に歌われる「思ひ草」をナンバンギセルのことだと最初に明確に指摘したのは本居宣長で、著書「玉勝閒（たまかつま)」(1812年刊)十三の卷「おもひ草」の中で「そもゝ此思ひ草といふ草は、いかなる草にか、さだかならぬを(中略)高さ三四寸、あるは五六寸ばかりにて、秋の末に花さくを、其色紫の黒みたるにて、うち見たるは、菫の花に似て、すみれのごと、色のにほひはなし、花さくころは、葉はなし(中略)薄(すすき)の下ならでは、まけども植れども、生ることなし、古の思ひ草もこれにやあらむ」と記しているのが最初で、王朝文化の万葉集・古今集などに歌われた「思ひ草」は、中世以降何の花かがわからなくなっていたようです。

奈良時代の万葉集から室町期までの間に、数々の歌集に「思ひ草」「思草」は読み込まれていて、その数は60首以上があるといわれますが、そのほとんどは鎌倉期や室町期に詠まれた歌。そのロマンチックな響きから、「思ひ草」という言葉は特に中世の歌人たちに好まれたようなのですが、中世に読まれる「思ひ草」は、順徳天皇はツユクサ、九条兼実はシオン、そのほかオミナエシやフジバカマなどなど、それぞれ勝手にコレと思う秋草をあてはめていたようで、とりわけ藤原定家の、

霜結ぶ　尾花がもとの思草　きえなむ後や　色に出づべき　(拾遺愚草　巻上)

の歌が晩秋の歌であり、リンドウを指していると解説されたこと、また源頼朝と北条政子の出会いの逸話として、若き頼朝が狩りの折、一人の少女（のちの妻　北条政子）からリンドウを捧げられ、花の名を訊ねると「思い草」と答えたという故事(ちなみに頼朝と政子の少女マンガのようなこの逸話は、江戸時代の創作です)や、江戸期の本草学者・貝原益軒が思い草をリンドウとしたことから、明治時代までの定説は、かなり強固にリンドウのことである、とされてきたのです。

つまり、鎌倉期から江戸時代を通して、ナンバンギセルは思い草とは呼ばれていなかった、ということになります。
では当時はどう呼ばれていたのでしょうか。「きせる草」「ゆうれい草」「おらんだきせる」「竹馬草」などの名が知られています。「きせる草」というのは、16世紀に欧州から煙草と、その喫煙器具であるパイプやキセルがわたってきてからの名でしょう。竹馬草の竹馬とは、長い柄の先に馬の頭に見立てた飾りのついたおもちゃで、ナンバンギセルの姿がそれに似ているため。他にも、東北地方一帯では「かっこーへのこ」(郭公の性器)「べこのきんたま」(つぼみの形から)などのとんでもない名前で呼ばれていたり、九州地方では「よだれくい」というよく意味のわからない命名がされたりしていました。そうした中で、注目されるのは千葉県柏市では古くから「おもいぐさ」と呼ばれていたという事実があります。それは、ナンバンギセルを思い草と呼び習わしていた王朝文化の名残、証拠と考えるべきでしょう。

江戸期を通じてナンバンギセルを思い草だと指摘したのは本居宣長のほか日蘭交流でオランダに日本の生物を紹介した岡林清達・水谷豊文による「物品識名」(1809)において「ヲモヒクサ　キセルサウ　ナンバンギセル　列當一種」と記された程度で少数派でしたが、明治に入り「思草(おもいぐさ)」の歌集を著した佐佐木信綱や、小説家で園芸通として知られた前田曙山が「曙山園芸」（1911）や「四季の園芸」(1916)などでナンバンギセルと宿主のススキの関係を論じたうえで「思い草はナンバンギセルのことだ」と盛んに指摘したことなどから、次第にそちらが定説となっていきました。
特に曙山はその著書の中で、詳細にナンバンギセルの鉢植え栽培の方法を指南し、「此草が盆栽中に在って花を開くのは、九月下旬から十月であるから、ちょうど秋草の盛の間、併せて此畸形にして風流な花を眺める事ができる」と、栽培鑑賞を推奨しました。
今でも、世界中でナンバンギセルを園芸品種として愛でているのはほぼ日本だけです。