水田稲作は、数々の注意や手間をかけ、丹精こめたものですが、特に水管理は入念で繊細な調整を必要とします。
寒冷地と温暖な地域では、水管理の仕方も異なります。
まず、田植えに備えて、春、田んぼは代かき、耕起・耕転を行い、ていねいに圃内を均平になるように均します(圃場内の高低差は、±2.5センチ以内とされます)。こうして、水位が場所によってばらつかないようにした後、水が張られて苗の田植えがおこなわれます。暖地では、田植えの後に植え傷みが起こりやすいため、活着(根がしっかりと土に定着して成長し始めること)するまでは水位を高く(移植後1～5日間は水深5～7センチ)した深水管理にし、しばらくしてから水位を下げます。
一方寒冷地では、春にはまだ冷え込みが厳しい日もあるため、低温・強風の場合には水を深く、晴天・高温の場合には逆に水を浅くして、稲が冷気冷水で冷やされないようにこまめに調整されます。また、活着期には日中は３～４センチ、夕方に入水して夜間は５～６センチの水深を保つという方法もおこなわれます。
苗の田植えではなく、種を直播する栽培法・湛水直播水稲では、播種後落水を行い、発芽を促します。目安として播種後7～10日間ほど水を抜き、その後入水します。

稲が分げつ期(根に近い茎の関節から側枝が発生すること)に入ると、浅水管理によって水温を高く保ち、葉や根の精力的な成長分げつを促しますが、一方で暖地では高温多照によって分げつが過剰となり、穂数および籾数過剰によって品質低下にいたる場合があります。これを避けるために、その後に行われる「中干し」の時期を早めることもあります。
「中干し」とは、6月中・下旬ころに、根の発根力をうながすために、10日から2週間ほど水を完全に落とし、田んぼを乾かすことです。この時期、充分に分げつを見る頃から、稲はあまり水を必要としない時期に入ります。同時に根はぐんぐんと伸び増えて、結実のエネルギーを蓄えようとしはじめます、そして梅雨から夏を迎えるこの頃は気温も高くなって土の中の有機物・肥料分の分解も盛んになることから、田の水をぬいて土を乾かし、土中に発生したガスを蒸散させるとともに、土の中に空気を入れて根の伸びと数を増やすわけです。圃場に浅いひびが生じるくらいがよいとされますが、逆に乾かしすぎて大きな亀裂が入ると、せっかくの根が切断されてしまうためにここでも細心の注意が必要。米どころの一つ北陸は土壌が重粘土層のために、土干しによる亀裂が大きくなる危険性があります。そこで溝切りと言って稲列の間に溝を作り、間断潅漑をおこなうなどの工夫で亀裂の拡大を防ぎつつ中干しをおこないます。
梅雨が明けて夏を迎えると、強い日差しと熱気で田んぼの水温が上がりすぎ、稲の根の呼吸が阻害されます。そこでこの頃からは2日水を抜いて次の3日水を張る、という間断落水を繰り返しおこないます。